FONOLOGIA

Todas las variantes de zapoteco son lenguas tonales, típicamente el número de tonos es de tres (alto, bajo, ascendente) pero existen grandes diferencias entre las diferentes variantes, llegando a ser cinco en el zapoteco serrano (los anteriores, más medio y descendente). El acento en las variedades que se han descrito recae siempre en la penúltima sílaba de la raíz y su posición no se ve afectada por los procesos de afijación. Algunas lenguas zapotecas han perdido la última sílaba no acentuada, por lo que se podría decir que el acento recae en la última sílaba en estas lenguas.

La mayoría de variantes posee al menos seis vocales simples (cerradas: /i, i, u/, abiertas: /e, a, o/) y frecuentemente el rasgo de laringización produce nuevos segmentos en contraste con los seis anteriores. El inventario consonántico varía ligeramente de una variante a otra, pero siempre encontraremos la oposición fortis-lenis característica de todas las lenguas zapotecas. En el siguiente cuadro se resumen dichos inventarios:

labial	alveolar	palatal	velar	lab-vel	uvular	glotal
oclusiva	p b	t d		k g	(kʷ gʷ)		ʔ
africada		(ʦ ʣ)	ʧ (ʤ)
fricativa		s (z)	( ʃ ) ʒ	x		(ʁ ʁʷ)
nasal	(m̥ m)	(n̥) n
vibrante				ɾ (r)
aproximante		(l ̥) l		(j)	(w)

El diacrítico inferior de las sonorantes /m̥, n̥, l ̥/ indica que son sordas. Los fonemas entre paréntesis sólo están presentes en algunas variedades de zapoteco:

La estructura silábica difiere de unas lenguas zapotecas a otras. Así el zapoteco del istmo no admite consonantes a final de palabra, por lo que la sílaba final es siempre abierta. En cambio el zapoteco de Rincón admite varias consonantes en esa posición (/n, β, ʣ, tβ, d_, s, z, l, t/).

El proto-zapoteco sistema fonológico fue reconstruido preliminarmente por Morris Swadesh y posteriormente otros autores mejoraron ese trabajo. El inventario consonántico mínimo podría estar formado por los siguientes elementos:

	labial	alveolar	palatal	velar	lab-vel	uvular	glotal
obstruyente	*p, *b	*t, *d		*k, *g	*kʷ		*ʔ
africada		*ť, *ď	*č
fricativa			*š, *ž			*ʁ
nasal	*m	*N, *n
aproximante		*L, *l		*y	*w

Donde el contraste entre fonemas de una misma casilla no es de tipo sorda/sonora sino muy probablemente de tipo fortis/lenis (siendo /*L, *N/ las contrapartidas fortes de /*l, *n/lenes. Los fonemas /*ť, *ď/, propuestos por Suárez, podrían ser africados aunque su naturaleza fonética exacta no puede reconstruirse, ya que también pudieran corresponder a fricativas (Suárez emplea el signo /*${\displaystyle \scriptstyle {\hat {\theta }}}$/ para /*ť/ sugiendo que podría interpretarse como /*t^θ/ o /*t^s/).

En cuanto al inventario vocálico si bien originalmente se reconstruyó un sistema maximal con cinco vocales breves /*i, *e, *a, *o, *u/ y cinco largas /*iˑ, *eˑ, *aˑ, *oˑ, *uˑ/, posteriormente Suárez propuso que podía reducirse el anterior sistema de tres vocales cerradas /*i, *ɨ, *u/, tres abiertas /*e, *a, *o/ y dos vocales /*A, *O/ cuya articulación fonética es incierta, aunque por sus correspondencias fonéticas con el chatino podrían ser posiblemente *[ã], *[õ].

Morfología

El siguiente cuadro muestra los pronombres sujeto en diferentes variantes. Puede observarse que en el caso de los pronombres las variaciones son puramente fonológicas, pero todas las variantes presentan las misma categorías en el pronombre:

GLOSA	Choapa	Teotitlán	Texmelucan	Atepec	Istmo	Yate	Yagallo	proto- zapoteco
1ª persona singular	-(g/w)aʔ	naa, -a	inte	nadaʔ, -aʔ	-aʔ	-aʔ	-aʔ	*naʔ
2ª persona singular	-loʔ	lui, -u	-luʔ	leʔ -(l)oʔ				*luʔ(i) *nuʔ
3ª persona singular (persona)	-bi(ʔ)	laaŋ, -aŋ	labi, bi	Leʔ, -(n)eʔ	be	-beʔ	-biʔ	*pi
3ª persona singular (animado)	-baʔ	lam, -m	laba, -ba	Leb -(ə)b	me	-baʔ	-baʔ	*ma(ni)
3ª persona singular (inanimado)	-na, -n	laiŋ, -iŋ	la, -na	Len, -(ə)n	ni	-n		*ni
1ª persona plural inclusiva	-ro	tonouŋ, -uŋ	intuʔ	netoʔ, -toʔ	nu	-ʤoʔ	-ruʔ	*na
1ª persona plural exclusiva	-ndoʔ		riʔu	chiʔo, -cho	du	-toʔ	-tuʔ	*tyiʔu *ya
2ª persona plural	-le	lui-tu, -tu	lebiʔ, -le	leʔe, -le	tu	-leʔ	-luʔ	*wa
3ª persona plural	-yaka+3	laadaŋ, -daŋ	laka+3	3+gaʔak	ka+3	-gak+3	(la)-gaka+3

Sintaxis

En cuanto a la sintaxis la variante más divergente es nuevamente el Zapoteco de Rincón, las otras variantes estudiadas tienen un orden básico VSO y no tienen concordanciade persona con el verbo. Sin embargo el zapoteco de Rincón tiene orden VOS, y además concordancia de sujeto y de objeto en el verbo:

M. Piper señala que podría existir una razón estructural que relacionara la existencia de concordancia en esta variante con el orden básico VOS.

Léxico comparativo

La cercanía entre las lenguas zapotecas y el chatino puede ser examinada comparando la forma de los numerales:

Variante	uno	dos	tres	cuatro	cinco	seis	siete	ocho	nueve	diez
Zapoteco septentrional (Xhon)[se necesita documentación]	to	chope	shone	tape	gayo'	xope	gaze	xono'	ga	chi
Zapoteco del Istmo (Juchitán)15	tobi	ʧupa	ʧonːa	tapa	gaʔjuʔ	ʃoʔpaʔ	gadʒe	ʃono	gaʔ	ʧiʔ
Zapoteco de Mitla16	teʰ, teʔb	tjoʔp	ʧonː	taʰp	gaiʔ	ʃoʔp	gaʰdz	ʃuʰnː	gaʔ	ʦuʔ
Zapoteco de San Pedro Quiatoni[se necesita documentación]	toʰb	ʧop	ʦoʰn	tap	gæʔj	ʃo'p	gaʰdz	ʃuʰn	gaʔ	ʧiʔ
Zapoteco de Sierra de Juárez17	tu, tubi	ʧupá	ʦunːá	tapa	gàjuʔ	ʂupá	gatsì	ʂunúʔ	gà	ʦìʔ
Zapoteco de Zoogocho18	to	ʧop	ʃonːe, jonːe	tap, dap	gajoʔ	ʂop	gaʒe	ʂonoʔ	ga	ʃi
Chatino de la zona alta19	ska23	tukwa32	snã32	hakwa23	ki'yu32	skwa32	kati21	snũ23	kaa2	tii2
Proto-zapoteco20 21	*tŭbí	*t(y)úpá	*čónná	*tápá	*gàʔyú	*šòʔpá	*gáčé	*šónnúʔ	*găʔ	*čiʔ(i)
Proto-zapotecano22		*tup-	*ʦona-	*tap-	*kaʔyu	*spa	*ka'ti	*snu	*kaʔ	*tii

En la lista anterior los acentos y los números como superíndices indican el tono.